Quando si esaminano le relazioni tra sonno e metabolismo, è spesso difficile determinare se particolari condizioni metaboliche condizionano il sonno oppure se sono la qualità e la quantità del sonno a condizionare il metabolismo
Ad esempio si rilevano periodi più lunghi di sonno profondo in persone fisicamente attive e in chi ha un'iper-attività della tiroide, entrambe queste condizioni sono associate ad un metabolismo più veloce. Al contrario, persone con un’ipoattività della tiroide o chi ha un metabolismo più lento, godono di una minore quantità di ore di sonno profondo. Tornando al rapporto sonno-metabolismo, si può constatare che la carenza di sonno è correlata ad indesiderabili alterazioni dell’attività metabolica. Per esempio un aumento dei livelli ematici di cortisolo (ormone coinvolto nella risposta allo stress) ha degli effetti sulla risposta immunitaria, sulla capacità dell’organismo di far fronte all’ipoglicemia e sul controllo dell’appetito. Tali variazioni si riscontrano in chi subisce interruzioni del sonno, ad esempio da parte di neonati o per una malattia. Il risultato finale è che la normale attività del nostro organismo è disturbata dalla mancanza di sonno, soprattutto per le indiscutibili conseguenze metaboliche. Recentemente sono state studiate varie molecole come la visfatina 1 che alla luce dei nuovi studi sembra avere un ruolo determinante in questa relazione tra il sonno ed il metabolismo.